En Morelos se observan las siguientes especies:
Mamíferos: La mastofauna del Estado se integra por 101 especies y subespecies, agrupadas en 8 órdenes y 21 familias, las cuales representan el 22.44 % de la mastofauna nacional, mismos que se subdividen en: murciélagos que representan el 46.53 % del total de los mamíferos, rata, ratón, ardilla y tuzas que constituyen el 26.73 %, zorrillos, mapaches y tejones con 14.85 %, conejo y liebres conformando el 3.96 %, tlacuaches o zarigüeyas, musaraña y armadillos con el 1.98 %, cacomixtle, tejón, zorra gris y coyote con el 4.96 %, y por último los venados con 0.99 por ciento. Del universo de especies existentes en Morelos, 18 especies son endémicas, de las cuales una es de marsupiales, una de insectívoros, siete de quirópteros, dos de logomorfos y siete de roedores.
Aves: De las 1,060 especies que identificadas en el país, el 59.80 % son residentes en Morelos. De estas especies moradoras hay dos especies de codorniz, la listada y la común, chachalacas, gallaretas, patos, palomas y búhos. En la entidad se han registrado 112 especies endémicas, cifra que representa el 30 % de la avifauna del Estado.
Anfibios y Reptiles: En Morelos existen 24 especies de anfibios que representan el 7.74 % del total nacional y 79 especies de reptiles que representan el 11 % del total nacional, entre ellas las serpientes de cascabel, iguanas, salamandras, escorpión, lagartijas, boas, mazacuata, coralillo, tortugas, ranas y sapos. Entre los factores que más causan daño a los ecosistemas donde viven los anfibios se pueden citar a los incendios forestales, con respecto a los reptiles, su afectación se genera debido a la irracional captura de estos animales para fines comerciales, además de la depredación por miedo de posibles mordeduras causada por la falta de educación ambiental
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